นิกร จำนง เคยเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสงขลา ใน พ.ศ. 2531 และ เดือนมีนาคม พ.ศ. 2535 ต่อมาได้หันมาลงสมัครในแบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคชาติไทย ได้รับการแต่งตั้งเป็นกรรมการในคณะกรรมการวิสามัญศึกษาปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ในปี พ.ศ. 2533[4] และได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม ในรัฐบาลของ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ในปี พ.ศ. 2545[5] ต่อมาในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2548 ได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่ผู้อำนวยการพรรค

ต่อมาเมื่อพรรคชาติไทย ถูกตัดสินยุบพรรค ในปี พ.ศ. 2551 นายนิกร จำนง ในฐานะคณะกรรมการบริหารพรรคจึงถูกตัดสิทธิ์ทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี
กระทั่งในปลายปี พ.ศ. 2556 เขาได้เข้าเป็นสมาชิกพรรคชาติไทยพัฒนา

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2557 เขาได้สมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคชาติไทยพัฒนา ลำดับที่ 4